แผนกเกษตรศาสตร์ ในสังกัดคณะเกษตรศาสตร์ของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้เริ่มกิจการเรียนการสอนด้านปฐพีวิทยาสำหรับการศึกษาระดับปริญญาตรี หลักสูตร 5 ปี ของปริญญากสิกรรมและสัตวบาลบัณฑิต มาตั้งแต่เริ่มจัดตั้งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2486

            ต่อมาในปี พ.ศ. 2497 ได้รับการยกฐานะเป็น หมวดวิชาปฐพีวิทยา ในปี พ.ศ. 2509 ได้รับการจัดตั้งเป็น แผนกวิชาปฐพีวิทยาในคณะเกษตร และตั้งแต่ปี พ.ศ. 2511 เป็นต้นมา ได้เปลี่ยนเป็น ภาควิชาปฐพีวิทยา

            ภาควิชาปฐพีวิทยาได้เริ่มการเรียนการสอน ระดับปริญญาโททางปฐพีวิทยา ในหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) สาขาวิชาปฐพีวิทยา ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2510 เป็นต้นมา และได้จัดการเรียนการสอนระดับปริญญาเอก ในหลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต (ปฐพีวิทยา) ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2520 ซึ่งนับว่าเป็นภาควิชาปฐพีวิทยาแห่งแรกของประเทศไทย ที่มีหลักสูตรการเรียนการสอนด้านปฐพีวิทยาในระดับ ปริญญาตรี ปริญญาโท และปริญญาเอกทางปฐพีวิทยา ครบทั้ง 3 ระดับ

            ต่อมามีการจัดตั้งวิทยาเขตกำแพงแสนขึ้น ภาควิชาปฐพีวิทยาก็ได้มีการดำเนินการจัดการเรียนการสอนทั้งวิทยาเขตบางเขน และวิทยาเขตกำแพงแสน จนกระทั่งมีการจัดแบ่งโครงสร้างหน่วยงานระดับคณะใหม่ โดยมีการแยกคณะเกษตร ออกเป็นคณะเกษตร และคณะเกษตร กำแพงแสน ตั้งแต่วันที่ 18 มีนาคม พ.ศ.2546 ภาควิชาปฐพีวิทยา จึงได้บริหารงานและมีกิจกรรมการเรียนการสอน ภายใต้คณะเกษตร กำแพงแสน โดยแยกการบริหารงานและการเรียนการสอนออกเป็น 2 ภาควิชา ตามคณะที่สังกัด แต่ยังคงดำเนินกิจกรรมในหลายกิจกรรมร่วมกันเช่นเดิม เช่น กองทุนสนับสนุนการศึกษา กิจกรรมศิษย์เก่า กิจกรรมด้านดินและปุ๋ยร่วมกับสมาคมวิชาชีพ สมาคมด้านการค้า และสนับสนุนงานวิชาการด้านดินและปุ๋ยแก่หน่วยงานภาครัฐและเอกชนที่เกี่ยวข้อง เป็นต้น 

            ในปัจจุบัน ภาควิชาปฐพีวิทยา คณะเกษตร กำแพงแสน รับผิดชอบกิจกรรมการเรียนการสอนและการวิจัย ในหลักสูตรทางปฐพีวิทยา 2 ระดับ คือ ปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) แขนงปฐพีวิทยา และ ปริญญาวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการจัดการทางดิน) นอกจากนี้ภาควิชาปฐพีวิทยายังรับผิดชอบกิจกรรมการเรียนการสอนในหลักสูตรสหวิทยาการที่เป็นความร่วมมือกับคณะเกษตร กำแพงแสน และมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (บางเขน) ทั้งหลักสูตรภาคปกติ และหลักสูตรนานาชาติ